癫痫发作的治疗主要应着眼于潜在病因，癫痫发作的治疗目标不是治愈，而是控制。如果猫咪经过治疗不再发作，或是发作频率至少降低了50%，并且未观察到药物最小副作用，则认为治疗是成功的。因此，记录癫痫发作时间、次数及具体特征、持续时间、严重程度、表现类型等非常重要。
治疗有效时，抗癫痫药物也不应该立刻停止，只有当猫咪保持至少一年的无癫痫发作状态时，才应该考虑减少剂量，药物应该在多个月内逐渐减少。当治疗无效时，即经过治疗没有变化、癫痫发作频率没有降低50%甚至反而增加，兽医师需要重新评估治疗方案。抗癫痫治疗无效的原因可能有：诊断不正确、药物剂量不足、猫对药物产生耐药性。
原发性癫痫需要长期使用抗癫痫药物，可用于猫的抗癫痫药还是很多的，包括苯巴比妥、左乙拉西坦、唑尼沙胺、普瑞巴林。长时间癫痫发作需要使用地西泮救急，但发作期间绝对不能给予口服药物，最好使用注射方案，实在不行通过“塞菊花”让直肠粘膜吸收。
何时开始抗癫痫治疗仍然是一个争议话题。偶然发作一次的猫一般被认为不需要治疗，只有当猫咪出现下列情况之一时才建议进行：
1、当猫一个月发作不止一次时；
2、当猫有集群性发作或单次发作持续时间过长时；
3、当癫痫继发于脑部疾病或颅脑损伤后，特别是当癫痫发作在颅脑损伤第一周内时；
4、当癫痫发作频率或严重度增加时。
