大多数情况下，没必要精确诊断猫上呼吸道综合症的病因，因为大多数URI的治疗方案是相同的。如猫脱水，可皮下注射治疗，这有助于减少猫发烧，严重时应住院静脉输液。
1、系统给予抗生素
口服抗生素7-10天以防止继发性细菌感染或治疗URI感染的主要细菌，可能出现胃肠道副作用尤其可能出现腹泻。
2、系统性给予抗病毒药物
抗生素对病毒无效，大多数病毒感染并未真正治愈，因此系统性给予抗病毒药物如口服赖氨酸，可能有助于减少复发。赖氨酸的作用是防止病毒使用氨基酸精氨酸，从而降低它们的毒性。赖氨酸是安全的，但仍有副作用，它可以帮助一些患猫，所以值得一试。
3、眼部护理
兽医师会开局部抗生素或局部抗病毒处方直接滴入猫眼。当猫有URI时，不要使用类固醇，类滚出可加重眼睛感染和感染性角膜溃疡，给猫带上伊丽莎白罩来阻止其挠眼。严重的角膜溃疡可能需要手术治疗。
4、鼻腔冲洗
兽医师可能给猫的鼻腔注入无菌盐水或液体药物来清除鼻腔分泌物。也可能会要求铲屎官定期给猫鼻腔滴几滴无菌盐水来保持鼻孔湿润，防止鼻腔分泌物干燥并阻塞鼻道。在医院时，兽医师很可能用雾化器将液体药物雾化以更快更直接输送到猫呼吸道；而在家中，建议铲屎官用加湿器来替代。
5、强化营养
如果猫咪不愿意进食，开些开胃药也是有帮助的；或者通过饲喂气味浓郁的罐头类食物来诱使猫咪吃东西。如果家里有不止一只猫，要特别注意其他猫的表现。兽医师可能会建议将所有猫都带去医院检查以确保它们未感染。
为了防止病原体扩散肆虐，彻底消毒猫咪用品及家中所有猫咪可能接触的物体表面，尤其是食碗和水碗。即使猫只生活在室内，也不要掉以轻心。毕竟人是要外出的，不经意间接触到的细菌病毒带回家，照样威胁猫咪。
