虽然现在检疫、消毒条件不断提高，但还是有一些寄生虫或虫卵藏在小龙虾体内。因此在烹饪时一定要让小龙虾充分熟透，否则人体就会感染寄生虫。
小龙虾的食性很杂，除植物秸秆和水草外，还以死掉的鱼类或同类的尸体为食。由于其有吃腐尸的习惯，它们的身体中携带了大量的细菌和有毒物质。一些商贩捕捞野生环境下生长的小龙虾，不经过检疫运到市场低价出售。
还有一些商贩故意向养殖池中投喂不干净的饲料，甚至将被污染的水塘、泥沼作为养殖地。
小龙虾生活的水域中充斥大量的浮游生物，不论人工养殖还是野生的，小龙虾都是寄生虫的宿主。
