“神笔马良”实验的原理是：马克笔水性笔中含有一种名为“剥离剂”的化学物质，这种物质不溶于水，所以其在盘子中写的字或画的画被水冲泡后，会从盘子的表面脱离，漂浮在水面上。除此之外，马克笔种类中还有一种油性笔，但这类笔中，并不含有“剥离剂”，所以其墨水无法漂浮在水面上。
马克笔又名记号笔，是一种书写或绘画专用的绘图彩色笔，本身含有墨水，且通常附有笔盖，一般拥有坚硬笔头。它的颜料具有易挥发性，用于一次性快速绘图，常使用于设计物品、广告标语、海报绘制或其他美术创作等场合，具有色彩亮丽、着色便捷、笔触明显、携带方便等特点。
油性的墨水因为含有油精成分，故味道比较刺激，而且较容易挥发。如果玩具掉漆可以用马克笔补色。油性马克笔快干、耐水、而且耐光性相当好，颜色多次叠加不会伤纸，柔和。
马克笔不具有较强的覆盖性，淡色无法覆盖深色。所以，在给效果图上色的过程中，应该先上浅色而后覆盖较深重的颜色。并且在要注意色彩之间的相互和谐，忌用过于鲜亮的颜色，应以中性色调为宜。
